喀什河水流湍急，水利资源丰富，河两岸及支流两岸地势开阔的地方，水草茂盛，非常有利于游牧。为配合伊犁河支流喀什河水利工程建设，2001年7月，考古工作者对新疆尼勒克县喀什河上游两岸和支流进行了考古调查。8月至11月间，新疆文物考古所又对喀什河南岸穷克科墓地、乌图兰墓地和呼吉尔台沟墓地进行了考古发掘，并取得了重要的考古发现。

在喀什河上游支流胡吉尔沟、阿克布早沟、萨尔布拉克沟、巴尔尕提沟、铁梅里克沟、呼吉尔台沟及喀什河道两岸，考古工作者共发现墓葬1000多座，遗址数万平方米。所发现的墓葬多为土墩墓，分大、中、小三种。大型土墩墓封堆直径一般在30米以上，高两米以上；中型墓葬封堆直径在10米至30米间，高在1米左右；小型墓葬封堆直径在10米以下，高不到1米。在喀什河北岸仕仁托卡依，考古工作者还发现有石围墓。在呼吉尔台沟距沟口七八公里的开阔平坦的草地上，考古工作者还发现数处地面呈圆形下陷、直径在15米左右的地表。考古工作者怀疑在这种非常奇异的地表现象下为古代人工遗迹，很可能是古代墓葬的一种形制。在河北岸附近铁梅里克沟以西又发现有一建筑遗址，遗址仅残存三面墙，边长100米，高数米，可能是一城址。

2001年7月至9月，在穷克科墓葬和遗址的考古发掘中，考古工作者对穷克科墓地进行了较大规模的考古发掘。穷克科墓地位于喀什河南一宽阔的台地上，台地东西长1.5公里以上，宽0.5公里左右，墓地共有墓葬100多座，这次共发掘墓葬55座和两座古代原始祭祀坛。祭祀坛位于墓地的东西两侧，也是当时新疆发现的祭祀坛中保存较好、规模较大的两座。

位于墓地东端的一座祭祀坛，外径用卵石或块石在地表摆成规则的圆形。圆形的外围用大小基本一致的光滑卵石围成5至6圈，表面十分平整。位于墓地西侧的一座用很小的可能是用卵石打碎后的碎石块在地表堆成圆丘状。这两座祭祀坛的发现，表明几千年前，这一地区宗教的气氛十分浓厚。

穷克科台地上的墓葬，地表有圆形石堆，石堆的直径为10米至20米。石堆下有一个墓室，另有少量墓葬有两个或三个墓室。石堆下有积石和石圈，石圈在墓地的外围，直径小于石堆，用卵石或片石围成，墓口上部有积石。在这些墓葬中，形制有石棺墓、竖穴土坑墓和竖穴偏室墓。

石棺墓集中在墓地的东部和沿河一带，石棺用石板、片石围成。沿河一带为竖穴石棺，石棺在墓室底部用卵石围成。在三种形制的墓葬中，竖穴偏室墓最多，竖穴的上部多填以卵石，下部则填以同样大小的片石或板石。偏室开在竖穴的北壁，南侧多留有二层台，死者葬在偏室内。

墓地的中部还发现一排东西向、排成链状的封堆，封堆的直径在20米左右，墓室为竖穴土坑墓，死者以一次葬者为多。一次葬者（埋葬死者的次数常见的有“一次葬”、“二次葬”与“多次葬”，其中多于二次的较为少见；“一次葬”顾名思义是指行使一次的丧葬仪式行为后即将死者的遗骸一直保留在原处而不再移动）的头向朝西，仰身直肢。不少死者还缺少上指骨或下趾骨，这也是考古工作者新发现的非常独特的一种葬俗。这种葬俗在国内外其他地区也尚未见到。另外，个别死者的头骨还有穿孔的现象。

二次葬者的数量较少，而且骨骼多不全，葬得十分散乱，其中一座墓中只葬有死者的牙齿。此次发掘采集了大量的人骨。这也为古代体质人类学、人种学的研究提供了非常珍贵的材料。

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